一、疏水層析是利用蛋白質在高鹽條件下吸附在疏水層析介質的疏水基團上，降低鹽濃度時，不同蛋白按疏水性從弱到強依次被洗脫，從而達到分離純化的目的。
 

　　二、與親和層析、離子交換層析相比，疏水層析在分離過程中，分離介質與蛋白質分子之間的相互作用力較弱，蛋白質在層析分離中不易發生分子結構的激烈改變，不易喪失活性，因此其應用領域不斷擴大，分離介質的種類也日益增多。
 

　　三、方式：
 

　　(1)pH的篩選，可以提高產物收率，pH值升高會減弱疏水作用，一般選擇維持生物大分子的生物活性的中性條件(pH6~8)。
 

　　(2)疏水吸附作用隨著溫度的上升而增強，樣品和純化系統的溫度需保持一致，溫度對疏水層析的影響非常大。
 

　　(3)一般為低鹽洗脫，或者需要更強的洗脫條件，可加入少量的有機溶劑或去垢劑。
 

　　四、疏水層析也稱疏水作用層析(hydrophobicinteractionchromatographyHIC)。蛋白質表面一般有疏水與親水基團，疏水層析是利用蛋白質表面某一部分具有疏水性，與帶有疏水性的載體在高鹽濃度時結合。在洗脫時，將鹽濃度逐漸降低，因其疏水性不同而逐個地先后被洗脫而純化，可用于分離其它方法不易純化的蛋白質。